Der Erfolg der watergeuzen, Kaperfahrer im Dienste niederländischer Adliger, löste in den nördlichen Niederlanden, vor allem Holland, breite Aufstände aus. Die brutalen Massaker durch spanische Truppen an der lokalen, meist protestantischen Bevölkerung im Zuge von Rückeroberungen, darunter Mechelen und Zutphen, führten zu Beginn zu einigen schnellen Kapitulationen unter den aufständischen Ortschaften. Nahezu zeitgleich fand auch die Bartholomäusnacht, die Ermordung von Protestanten in Paris im August 1572 statt. Die erhoffte Unterstützung von französischen Protestanten hatte sich spätestens mit diesem Massaker erledigt.

Das Massaker in Haarlem erwies sich als folgenschwerer Wendepunkt. Trotz versprochener Schonung nach einer Kapitulation ließ Alba nach der Eroberung der Stadt im Sommer 1573 rund 2.000 Menschen niedermetzeln. Als Zeichen der Stärke gedacht, ergab sich in der Folgezeit keine Stadt mehr den Spaniern kampflos. Die Verurteilung dieses Vorgehens von anderen europäischen Potentaten, die lange Dauer des Konfliktes und einige herbe Niederlagen führten letztlich zur Abberufung Albas. Erhebliche militärische Niederlagen, wie die Vernichtung einer gesamten spanischen Flotte an der Schelde im Januar 1574, sowie das jahrelange Ausbleiben ihres Solds (Mitte der 1570er-Jahre rund 1 Million Gulden), katastrophale Versorgungslagen, auch fehlende medizinische wie religiöse Versorgung, veranlassten die spanischen Truppen zu meutern. Die Stadt Antwerpen wurde erobert und für rund einen Monat besetzt und terrorisiert. Der Kampf gegen die aufständischen Niederländer mit einer Armee von rund 80.000 Mann verschlang alleine Anfang 1574 rund 1,2 Millionen Gulden monatlich, währenddessen die eigentliche Gefahr für die spanische Monarchie in dem osmanischen Vormarsch im Mittelmeer bestand.

Gescheiterte Friedensverhandlungen, Führungslosigkeit und wechselnde Statthalterschaft und der erklärte Staatsbankrott der spanischen Monarchie befeuerten den Ungehorsam der Soldaten. Mordende und plündernde Horden zogen durch die Lande und wurden auch von den spanischen Soldaten bekämpft. Als Ende Juli in Aalst bei Brüssel die Bevölkerung ausgeplündert und getötet wurde, gingen die Brüssler Bürger gegen spanische Vertreter in der Stadt vor. In der Zeit zwischen 1572 und 1607 befand sich die spanische Armee in den Niederlanden in einem permanenten Kriegszustand und es ereigneten sich nicht weniger als 46 Meutereien; fünf zwischen 1572 und 1576 und 37 zwischen 1589 und 1607. Die marodierenden Truppen bedeuteten meist ein noch schlimmeres Schicksal für die allgemeine Bevölkerung, als es reguläre Truppen schon taten.

Währenddessen zog der neubestellte Statthalter des Königs Don Juan de Austria (1547–1578) aus Luxemburg kommend mit seinen Truppen in die Niederlande ein. Am Samstag, dem 3. November 1576, drangen spanische Truppen in die Stadt Antwerpen ein und schlachteten die Bevölkerung nieder: 1.000 zerstörte Häuser und 8.000 Menschen fielen der Spaanse Furie zum Opfer. Dieses erneute spanische Massaker an einer der bedeutendsten Handelsstädte Nordeuropas wurde auf dem gesamten christlichen Kontinent mit Entsetzen aufgenommen und scharf verurteilt. Es reihte sich in eine lange Reihe schlimmer Verfehlungen unter spanischem Kommando ein, die in einer leyenda negra propagandistisch durch die Feinde Spaniens in  Europa verbreitet wurde.

Die Reaktion in den Niederlanden auf die Spaanse Furie folgte prompt: Holland, Seeland und sukzessive weitere Provinzen verabschiedeten im November 1576 die Genter Pazifikation: eine Absichtserklärung, die Spanier aus den gesamten Niederlanden zu vertreiben. Die Gewaltexzesse entfalteten eine solche Wirkung, dass selbst die eher katholisch geprägten südlichen Niederlande die Anwesenheit spanischer Truppen nicht weiter erdulden wollten.

Der Kölner Pazifikationstag von 1579

Aus einem lokalen Konflikt war Ende der 1570er-Jahre längst ein europäisches Chaos geworden: Die Königreiche Frankreich und England griffen nach Belieben in den Konflikt ein, während sich politische Glücksritter wie Francois-Hercule de Valois (1555-1584) oder Erzherzog Matthias von Österreich (1557-1619), späterer Kaiser, als neue Regenten andienten. Trotz der Genter Pazifikation hatten sich die Fronten längstverhärtet: im Norden gründete sich die protestantische Union von Utrecht, im Süden die katholische Union von Arras, die sich eindeutig zum Katholizismus und zu Philipp II. bekannte.

Der drohende Kontrollverlust in den Niederlanden veranlasste Kaiser Rudolf II. einen Friedenskongress zwischen den Konfliktparteien zu organisieren. Als Tagungsort wurde die Reichsstadt Köln gewählt, die sich im bisherigen Konflikt nicht nur neutral verhalten hatte, sondern aufgrund ihrer geografischen Lage für alle Parteien günstig zu erreichen war. Am 5. April 1579 traf die spanische Gesandtschaft in Köln unter Führung Carlos de Aragon, Herzog von Terranova, ein. Die Niederländer trafen verspätet ein, da sich die unterschiedlichen Provinzen erst über ihre Verhandlungsposition einigen mussten. Anders als die spanische Delegation wurden sie dafür ausgiebig von wol 2000 burger im felde ohn uff den gassen in der stat jubelnd in Empfang genommen.

Das spanische Beharren auf die Übergabe aller Festungen und die Demobilisierung aller staatischen Truppen bei gleichzeitigem Verbot aller nichtkatholischen Konfessionen und die Forderung, dass innerhalb von vier Jahren alle Nichtkatholiken das Land verlassen müssen, erschwerten die Verhandlung. Lösungsversuche der kaiserlichen Kommissare trafen auf Zustimmung bei den südlichen, nicht aber nördlichen Provinzen. Der Friedenskongress war gescheitert.