Das 19. Jahrhundert stellte für Wunstorf eine Zeit gravierender Umbrüche dar. Hier ist an den Bau der Eisenbahn zu denken, der zu einer neuen Gliederung des Stadtgebietes führte, aber auch an die einsetzende Industrialisierung. 

Das Stift wurde renoviert, wobei die Stiftskirche umfangreich erneuert und umgestaltet wurde. Die für das Stift Wunstorf weitreichendste Veränderung stellt aber das Ende der grundherrschaftlichen Agrarverfassung mit ihren Lasten, die sog. Bauernbefreiung, dar (siehe Ende des Stifts als selbstständige Institution). Abgaben, welche die Bauern zu leisten hatten, die das Land der Kirche bewirtschafteten, fielen Schritt für Schritt weg und hinterließen eine finanzielle Lücke. 

Unteranderem angestoßen durch die Französische Revolution 1789 kam es zu großen politischen Umwälzungen und zur Bildung  moderner Staaten und Nationalstaaten. Auch das wirkte sich auf das Stift in Wunstorf aus. Nachdem das Königreich Hannover 1866 durch Preußen annektiert worden war, unterstand auch das Stift Wunstorf fortan der Kontrolle preußischer Behörden.