Der Niedergang der Hutindustrie begann mit Ausbruch des Zweiten Weltkrieges 1939 durch die Umstellung der gesamten Wirtschaft auf Kriegsproduktion. Um Energie und Rohstoffe zu sparen, wurden nur noch kriegswichtige Produkte und zur Versorgung der Bevölkerung unbedingt Notwendiges hergestellt. Damit veränderten sich nicht nur traditionelle Handwerks- und Industriezweige sondern auch das gesamte gesellschaftliche Leben – auch in Guben. So erfolgte in den hiesigen Hutfabriken weitestgehend eine Umstellung von Hut- und Stumpenproduktionen auf kriegswichtige Produkte wie beispielsweise Militärtuche, Filzstiefel und andere militärische Ausrüstungsgegenstände. Die Hutherstellung wurde auch aufgrund von zunehmender Rohstoffknappheit, Energieersparnis und vor allem wegen fehlender Fachkräfte auf Anordnung des nationalsozialistischen Regimes drastisch eingeschränkt, später gar vollkommen eingestellt, um Produktionskapazitäten für Militärtuche sowie Personal für die Rüstungsindustrie frei zu bekommen. Einige Hutbetriebe wurden daher gänzlich geschlossen und außer Betrieb gesetzt. Frauen und Zwangsarbeiter sowie Kriegsgefangene mussten die zum Kriegsdienst eingezogenen Männer in den Fabriken ersetzen. Teile der Wilkeschen Hutfabrik mussten an die Rüstungsfirma „Auer AG“ verpachtet werden. In den verbliebenen Produktionsgebäuden erfolgte u.a. die Herstellung von Gasmasken, Gasschutzgeräten, Füßlinge aus Filz und Uniformen.

Die letzten acht Kriegswochen im Februar und März 1945, in denen Guben Frontgebiet war, brachten der einstigen blühenden Gubener Hutindustrie den wirtschaftlichen Ruin. Am Ende des Zweiten Weltkrieges waren nahezu 90% des historischen Stadtzentrums zerstört. Im westlichen Teil der Stadt waren etwa 20% der Bausubstanz von Zerstörung betroffen, hierunter auch zahlreiche industrielle Anlagen. Das Betriebsgelände und die Produktionsstätten der Firma C. G. Wilke waren zu ca. 45 % zerstört bzw. schwer beschädigt, und somit besser erhalten als die Berlin-Gubener-Hutfabrik AG.

Mit dem Ende des Zweiten Weltkrieges und dem daraus resultierenden politischen Systemwechsel beschlagnahmte die Sowjetische Militäradministration (SMAD) 1945 die Hutfabrik der Wilkes. 1948 wurde die Familie Wilke unter der letzten Firmeninhaberin Elisabeth Wolf enteignet und in den VEB Werthut Werk umgewandelt.